Il 12 marzo 1564 ebbe luogo un primo funerale, due giorni dopo quello ben più prestigioso patrocinato dalla casata ducale, che passò alla storia per la sua meticolosa organizzazione e l’interesse delle più importanti personalità fiorentine del tempo. L’inumazione avvenne a Santa Croce, nel monumentale sepolcro allestito appositamente dal pittore, nonché architetto, Giorgio Vasari.